Les probiotiques font-ils grossir ?

Le professeur Didier Raoult a mené une étonnante expérience sur des poussins au sein de son laboratoire de La Timone

Ces deux poulets, âgés de six semaines, ont mangé la même chose, à l'exception d'une bactérie.

Voici deux poulets qui vont beaucoup faire parler d'eux. Deux poulets qui, contrairement aux apparences, sont de même race et ont exactement le même âge : six semaines.

Les oeufs, qui provenaient de la même poule, ont été couvés dans les mêmes conditions, et ont éclos le même jour. Les poussins ont été nourris aux mêmes heures, avec les mêmes doses des mêmes aliments.

Comment expliquer alors que l'un fasse envie, l'autre pitié ? "Nous avons simplement placé une bactérie dans le tube digestif de l'un des deux poussins", explique le Pr Didier Raoult, qui a mené cette étonnante expérience au sein de son laboratoire de bactério-virologie de La Timone à Marseille, une référence dans cette spécialité.

Résultat : "Six semaines plus tard, le groupe de poulets qui avaient ingéré la bactérie pesait 30% de plus que les poulets témoins". Cause microscopique, énormes effets…

Administrer des micro-organismes aux animaux d'élevage pour les faire engraisser plus vite : la technique est connue par les éleveurs, qui utilisent depuis 50 ans des probiotiques dans l'alimentation. Mais là où l'expérience marseillaise est vraiment intéressante, c'est que la bactérie qui a si bien "profité" aux poulets n'est autre que le lactobacillus fermentum, couramment utilisé dans l'industrie laitière pour la fermentation des produits.

Des résultats identiques ont été obtenus avec une autre bactérie célèbre: le bifido-bacterium, présente dans les fameux yaourts au bifidus.

"Nourrir le tiers monde"

D'où la question dérangeante que pose le Pr Raoult dans un article scientifique publié en février dernier (1) : "Et si les bactéries utilisées pour la transformation des produits laitiers étaient en partie responsables de l'épidémie d'obésité qui frappe les pays occidentaux ?"

Ce qui est d'ores et déjà scientifiquement établi, c'est qu'à eux seuls, les facteurs génétiques, alimentaires, sociaux, comportementaux n'expliquent pas la progression de l'obésité: "Depuis vingt ans, l'épidémie continue de s'étendre aux États-Unis, où 65% de la population est en surpoids. Or, les modes de vie et d'alimentation n'ont pas changé", souligne le chercheur marseillais, qui n'est pas le seul à suivre la piste bactérienne.

Mais l'expérience des poulets ouvre d'autres perspectives, plus réjouissantes: "Produire 30% de viande en plus, cela pourrait être merveilleux pour nourrir le tiers monde", s'emballe Didier Raoult, qui a déjà été contacté par des industriels de la volaille.

La Fédération nationale de l'industrie laitière, en revanche, dit "ne pas avoir connaissance de l'étude marseillaise". Et s'étonne de ces résultats :"Si les consommateurs de bifidus avaient grossi de 30%, cela se saurait."

1. British Poultry Science

A lire également dans La Provence : "La piste bactérienne"

Par Sophie Manelli

Le microbiome du microbiome : on a toujours besoin d'un plus petit que soi

Nos fonctions digestives sont en partie assurées, et fortement influencées, par les communautés bactériennes que nous hébergeons. D'aucuns parlent alors de microbiome pour désigner l'ensemble des gènes de notre flore microbienne, qui parfois nous fournissent de nouvelles fonctions.

Comment évoluent les bactéries?

Les bactéries sont les plus petits organismes pouvant assurer un métabolisme ; elles peuvent donc vivre en consortium, mais ne peuvent héberger de sympathiques commensaux. Pourtant... Un coup d'oeil éclairé au génome d'Escherichia coli peut donner de bons indices : on y relève de nombreuses traces d'insertion de génomes de bactériophages, les virus des bactéries. En effet, certains bactériophages ont la propriété d'intégrer leur ADN dans celui de la bactérie, s'associant ainsi au destin de son hôte, parfois temporairement, parfois pour toujours. Ils peuvent ainsi apporter de nouveaux gènes en étant des vecteurs de transfert horizontal* ; l'origine virale des plasmides et des transposons peut aussi être discutée, mais pas ce soir, j'ai la migraine. Transfert, oui, mais aussi innovation : si l'on compare les grands groupes de bactéries ou d'Archées entre eux, une certaine fraction de leurs gènes leurs sont propres : ils n'ont pas d'homologues dans un autre groupe. Il semblerait que dans la plupart de ces cas 90% de ces gènes uniques soient d'origine virale/bactériophagique. Les mutations ponctuelles, les duplications de gènes, etc. sont donc loin d'être les uniques responsables de l'évolution bactérienne. Il nous faut également prendre en compte les bactériophages, ce qui inclut probablement les mécanismes cités ci-dessus.

Ainsi, les bactéries évoluent en partie grâce à leurs virus, qui constituent pour elles un formidables réservoir de gènes, en quelque sorte leur microbiome. Différence notable avec le nôtre, les gènes utilisés sont possédés en propre. A l'echelle évolutive, on a vraiment toujours besoin d'un plus petit que soi, fût-il un parasite... En revanche, il semblerait qu'on atteigne avec les virus/bactériophages le plus petit niveau d'innovation**, et que leur capacité d'innovation vienne de leur nombre immense (quelque chose comme 10³⁰ bactériophages dans les océans, mais c'est une estimation au sabre) et de leur rapidité d'évolution.

*On remarque par exemple que de nombreux gènes accessoires, par exemple impliqués dans la virulence d'une bactérie (toxines, etc.), sont véhiculés par des bactériophages. On parle même d'îlots de virulence dans les génomes bactériens.

** D'un certain point de vue, les prions sont capables d'évolution darwinienne : il y a bien descendance avec modification éventuelle, on a pu observer l'émergence de variants... Toujours est-il que ces phénomènes sont rares (du moins jusqu'à ce qu'on en sache plus) et en peuvent pas avoir d'impact sur l'évolution des gènes codés sous forme d'ADN.

Microbiome et Obésité

Les microbiologistes aiment à rappeler que le corps humain héberge moins de ses propres cellules que de petites vies microbiennes, en grande majorité des bactéries. On les trouve principalement dans le tube digestif (un ou deux kilogrammes seulement...) et sur la peau. Certains microbiologistes espiègles (car il y en a) vous demanderaient si vous n'êtes pas qu'un véhicule pour bactéries, manipulé selon leur bon vouloir! Sans prendre cette provocation au pied de la lettre, il est certain que cette multitude exerce une pression sur notre physiologie et notre évolution.

Bacteroides, une bactérie dominante dans notre flore digestive

Nous possédons un peu moins de 30 000 gènes, une bactérie typique environ 4000. Ainsi, dans l'enceinte sacrée de notre corps, du fait de l'incroyable diversité d'espèces microbiennes qui s'y trouvent, le nombre de gènes microbiens différents dépasse probablement notre nombre de gènes de plusieurs ordres de grandeur. Certains scientifiques appellent l'ensemble des génomes de nos petits invités le microbiome, qui combiné à notre génome constitue le métagénome humain. On parle également de métagénome d'un environnement donné, pour la bonne et simple raison qu'il est plus facile d'accéder à l'ensemble des gènes qu'à l'ensemble des organismes pour les étudier. De plus, le concept de métagénome a une pertinence écologique ou physiologique, selon le point de vue. En effet, les gènes du métagénome sont présents et potentiellement exprimés dans un même lieu, le sol, notre tube digestif... Il est donc possible de prédire quelle fonction biochimique sera accomplie, sans se préoccuper d'abord de qui l'accomplit dans cet environnement. Quel est donc le potentiel du métagénome humain? Que peut-on faire lorsque l'on s'adjoint les services de 10¹⁴ bactéries diverses avec tous leurs gènes et toutes leur potentialités métaboliques?

On baptise notre flore digestive "commensale", car les microorganismes sont en quelque sorte invités à partager nos repas, sans que nous ne nous en ressentions. En réalité, cette flore est plutôt mutualiste, car elle a nombre d'effets bénéfiques : elle nous protège de l'invasion de pathogènes, et surtout, elle nous aide à mieux tirer parti de notre nourriture. Comment? en exploitant les formidables capacités des bactéries à dégrader des polymères complexes, des lipides, à les transformer en nutriments que nous pouvons assimiler. Oui, un peu comme les vaches. JeffreyGordon, à l'université de Saint Louis, a ainsi démontré que des souris colonisées par une flore microbienne prenaient bien plus de poids qu'une souris axénique (littéralement "sans étranger", dépourvues de toute flore), alors qu'elles mangeaient moins! Cette prise de poids consistait principalement en une augmentation du taux de graisse corporelle (+60%, appétissant), et s'accompagnait d'une résistance à l'insuline, c'est à dire un diabète de type II traditionnellement associé à l'obésité.

Conclusion : une souris possédant un microbiome grossit plus vite qu'une souris axénique, probablement parce qu'elle tire un meilleur parti de sa nourriture.

Qu'en est-il de l'influence de divers microbiome sur la physiologie des mammifères? Quel lien avec l'obésité? Peut-on se passer de l'étude des souris axéniques, qui n'existent pas dans la nature? Et l'homme dans tout ça? C'est dans un récent numéro de Nature que J. Gordon a exposé des démonstrations les plus pertinentes, accompagnées d'une analyse du microbiome (voir 1, 2, 3 pour le commentaire, ainsi que la couverture du même numéro!).  Je les résume ici :


Des souris génétiquement obèses possèdent un microbiome différent de leurs consoeur plus sveltes.

Des humains obèses possèdent une flore digestive particulière, caractérisée par une abondance moindre de Bacteroidetes et plus de Firmicutes*.

Une flore de souris obèse introduite dans une souris mince la rend obèse.

Ainsi, une obésité même génétiquement déterminée (due à une perturbation dans le mécanisme de la satiété) modifie l'équilibre de la flore digestive, qui tend alors à devenir plus efficace dans la conversion des nutriments en énergie, et peut même rendre obèse.

Alors, ce microbiome particulier est-il une cause ou une conséquence de l'obésité? Les deux, mon capitaine! On peut dire que la flore participe à l'établissement d'un certain équilibre, au sens dynamique et non diététique, bien sûr. On quasiment dire que dans les conditions pas du tout naturelles de l'expérience, l'obésité est devenue une maladie infectieuse !

Ces travaux sont bien sûr d'innombrables applications: d'un point de vue fondamental, ils éclaircissent les rôles physiologiques de la flore commensale, encore mystérieux; ils apportent des indices sur les raisons qui nous ont poussé à nous associer à des bactéries au cours de l'évolution. Enfin et surtout, l'obésité est une maladie émergente qui menace la plupart des pays riches ou ceux qui souhaitent le devenir. Je me rappelle d'une projection de la population des USA, qui aboutirait à 100% d'obèses en 2040. Bien sûr, ceci n'arrivera pas, ce n'est qu'une projection, mais si elle est si irréaliste, c'est à cause des tendances actuelles, bien réelles et inquiétantes.

Alors, soigner l'obésité avec des antibiotiques ?

L'écologie microbienne, encore balbutiante, trouve là un champ d'application inattendu.


* Deux groupes de bactéries dominants dans la flore digestive humaine.

** Microorganismes divers utilisés préventivement comme protection contre une pathologie

Référence : http://bacterioblog.over-blog.com/article-5218606.html

Mon avis :

Je ne suis pas l'auteure de cet article, mais je trouve très intéressante cette approche biologique inédite des problèmes de poids. La naturopathe que je suis voit ici une possible indication de l'utilisation de l'argile buvable afin d'équilibrer, de nettoyer, la flore intestinale.

Je mettrai très rapidement un article pratique sur cette possible utilisation de l'argile. Le charbon activé aussi pourrait être une piste. Je vous tiens au courant.

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